喝酸奶的時間最好在飯后，因為這時人腸胃中的環境最適合酪氨酸生長，讓它發揮更多的健康功效。特別是飯后2小時內飲用酸奶，效果最佳，更容易吸收。
飯后兩小時內飲用酸奶為最佳時機。人的胃液酸堿度的PH值通常在1-3之間，空腹時的PH值在2以下，而酸奶中活性乳酸菌生長的酸堿度PH值在5.4以上，如果在空腹時喝酸奶，乳酸菌很容易被胃酸殺死，其營養價值和保健作用就會大大減弱。如果在飯后喝酸奶，這時胃液被稀釋，PH值會上升到3-5，這種環境很適合乳酸菌的生長。

酸奶不能加熱喝。酸奶一經蒸煮加熱后，所含的大量活性乳酸菌會被殺死，營養價值和保健功能便不存在，其物理性狀也會發生改變，產生分離沉淀，酸奶特有的口味和口感都會消失。夏季飲用宜現買現喝，冬季可在室溫條件下放置一定時間后再飲用。

飲用酸奶后要用白開水漱口。對于兒童來說，喝完酸奶后如不進行漱口，酸奶中的某些菌種及所含的一定酸度，特別容易導致齲齒現象。

不能用酸奶服藥。特別是用酸奶服用氯霉素、紅霉素等抗生素及磺胺類藥物以及服用治療腹瀉的一些藥物，因為這些藥物同樣會破壞或殺死酸奶中的乳酸菌。